19 ноября 1999 г. по распоряжению главы города Р.И. Бзенко было образовано муниципальное учреждение "Городской музей". Открытие музея заслуга многих людей: строителей, учёных, занимавшихся разработкой научной концепции создания музейной экспозиции, художников, проявивших талант и воображение, чтобы воплотить научные замыслы в нестандартные художественные формы.

Строительство современного шести-этажного здания, на первом этаже которого должен был расположиться музей, осуществлялось трестом "Югорскремстройгаз" (начальник И.П. Князь). За признанным именем предприятия стоят многолетние трудовые традиции и ответственность тех, кто здесь работает. Генеральной линией жизнедеятельности коллектива является девиз: "Строить красиво, качественно, надёжно".

12 января 2001 г. музей принял своих первых посетителей в стационарной экспозиции "Югорск. От легенды до точки на карте", которая представляла собой диалог традиционной и современной культур югорского края. Научным проектированием экспозиции занимались сотрудники НПМП "Волот" (структурное подразделение УрГУ, г.Екатеринбург) под руководством профессора А.Т. Шашкова. На счету "Волота" (в языческих представлениях древних славян волоты - это героические исполины, титаны) не только десятки книг по истории ХМАО-Югры, но и исследовательские работы в нашем регионе, включая полевые археологические, организация конференций и семинаров, комплектование фондов и создание постоянных экспозиций и выставок. Независимая творческая группа из Екатеринбурга "Студия "Артефактум" во главе с Ю.В. Калмыковым воплощала художественный замысел экспозиции, используя оригинальные методики при её создании. Творческим коллективом реализовано около 100 музейных и выставочных проектов по всей России, Великобритании, Германии, Канады, Норвегии, Португалии, США, Финляндии, Швеции. При создании экспозиции авторской группе удалось достичь удивительной гармонии формы и содержания.

Около 1,5 тысячи экспонатов представляли материальную и духовную культуру населения Северо-Западной Сибири в музейной экспозиции, созданной к открытию музея. Экспозиция раскрывала мир традиционной культуры хантов и манси, и в то же время отражала разные стороны истории города Югорска, как города новой индустриальной эпохи, повлиявшей на все сферы жизни края, на его экономику и культуру.

В 2002 г., в шести километрах от города, в живописном месте на берегу р.Эсс, был основан музей под открытым небом "Суеват пауль". Экспозиция под открытым небом - это воссозданный комплекс традиционного посёлка населения левобережья Нижней Оби и северо-уральских предгорий. Планировка Суеват пауля включает в себя расположение не только жилых, но и хозяйственных построек, изготовленных руками пелымских манси с соблюдением традиционных норм строительства. Уникальные и редкие предметы музейной коллекции этнографических материалов оживляют музейную экспозицию под открытым небом и дают возможность песетителям представить традиционный уклад жизни коренного населения, его материальную и духовную культуру.

16 сентября 2005 г., в связи с проведением оптимизации бюджетных ассигнований на содержание муниципальных учреждений культуры в городе Югорске, вышло распоряжение главы города Р.З. Салахова о реорганизации МУ "Городской музей" и МУ "Музей под открытым небом "Суеват пауль" в форме слияния. 14 декабря 2005 г. в Югорске на базе слияния двух музеев образовалось муниципальное учреждение культуры "Музей истории и этнографии", его возглавила О.В. Малозёмова.

МБУ "Музей истории и этнографии" расположен на первом этаже жилого шестиэтажного дома по ул.Мира, д.9. Общая полезная площадь помещений музея - 1 155,9 м2, в том числе площадь, выделенная под фондохранилище - 86, 5 м2 и экспозиционно-выставочная площадь - 549,5 м2.